Dokumentation Jonah

📄 Workflow-Dokumentation

Miniconda Setup

• Miniconda wurde unter
  /storage/mi/dauj03/miniconda$ installiert.
• myenv:
  Eine eigene Conda-Umgebung (workflow/env/myenv.yaml) wurde erstellt.
  Status: in Arbeit

---

Quality Control: FastQC und Trimming

Umsetzung

• Neuer privater Branch: quality-control-fastqc-trimming
• FastQC- und Trimmomatic-Integration erfolgreich abgeschlossen.
• Entsprechende Anpassungen in der Snakefile-Regel all vorgenommen.
• .snakemake-Verzeichnis und results-Ordner wurden in .gitignore aufgenommen, um temporäre Dateien nicht in Git zu versionieren.

Kommentare

• FastQC hat Nextera Transposase Sequence Adapter in sample3 erkannt.
• Empfehlung: Statt TruSeq3-PE.fa besser NexteraPE-PE.fa im Trimmomatic-ILLUMINACLIP-Schritt verwenden.

MultiQC

• MultiQC wurde hinzugefügt, um Ergebnisse von Trimming und QC zusammenzufassen.
• Output-Report:
  results/qc/multiqc_report.html

Noch offen

• Integration des Bowtie2-Reports in den MultiQC-Report.

---

De-novo-Assemblierung

Umsetzung

• Erfolgreich integriert.
• Ort im Workflow: workflow/rules/denovo_assembly.smk
• Hinweis:
  Der aktuelle Input sind Reads nach dem Trimming.
  Künftig Anpassung erforderlich: Input soll Reads nach Dekontaminierung sein.

---

Qualitätsbewertung der Assemblies

BUSCO

• Status: Erfolgreich integriert
• Ort im Workflow: workflow/rules/qc.smk
• Conda-Umgebung: workflow/env/busco.yaml

QUAST

• Status: Erfolgreich integriert
• Conda-Umgebung: workflow/env/quast.yaml

---

• Fehler bei der Erstellung des MultiQC-Reports wurden behoben.
• Alle Samples sollten nun korrekt erkannt und ausgewertet werden.
• Details dazu siehe Issue #4, #5, #6, #7.

---

MultiQC Reports wurde erweitert

• Ein Report nur für Raw Reads.
• Ein Report mit allen Schritten.
• Ein Report nur mit getrimmten Reads.

BUSCO Rule wurde mit neuer Lineage verfeinert

• Möglichst spezifisch (Spezies).
• ODB ist noch nicht immer spezifisch genug.
• Speziesbestimmung über NCBI (Screenshots beachten).
  • Lineage selbst wählen oder automatisch suchen lassen.
• Lineage konnte aber nicht als Parameter übergeben werden.

• Busco Download-Verhalten verbessert

  • --download-Flag soll ausschließlich den Download auslösen, ohne weitere Ausführung.
  • Nutzung von -l zum Spezifizieren des Pfads zur gewünschten Lineage.
  • Ziel: Lineage-Dateien sollen nur einmalig heruntergeladen werden (Caching vermeiden).