Segmentación Semiautomática de Procesos Neuronales

Este proyecto es una herramienta de software diseñada para la segmentación semiautomática de procesos neuronales a partir de imágenes. Utiliza técnicas avanzadas de procesamiento de imágenes y visión por computadora para facilitar el análisis de estructuras neuronales.

Descripción

El software proporciona una interfaz gráfica que permite al usuario cargar secuencias de imágenes, realizar alineamiento (registro) de las mismas y aplicar algoritmos de segmentación. El núcleo de la segmentación se basa en el método Distance Regularized Level Set Evolution (DRLSE).

Link con video de demostración: https://www.youtube.com/watch?v=2zyTZg0JROw

Características principales:

• Interfaz Gráfica (GUI): Construida con PyQt4 para una interacción intuitiva.
• Alineamiento de Imágenes: Herramientas para corregir el desplazamiento entre cuadros de una secuencia.
• Segmentación Semiautomática: Implementación de DRLSE para delimitar procesos neuronales.
• Visualización 3D: Capacidades básicas de visualización utilizando OpenGL.

Requerimientos

Para ejecutar este software, se requiere un entorno de Python 2.7 con las siguientes dependencias instaladas:

• PyQt4: Para la interfaz gráfica de usuario.
• NumPy: Para operaciones matriciales y cálculos numéricos.
• SciPy: Utilizado en el procesamiento de señales y filtros.
• OpenCV (cv2): Para la manipulación y procesamiento de imágenes.
• Pillow (PIL): Para el manejo de formatos de imagen y compatibilidad con Qt.
• scikit-image (skimage): Para operaciones de morfología matemática.
• PyOpenGL: Para la renderización y visualización en 3D.

Instalación de dependencias (ejemplo):

Dado que es un proyecto basado en Python 2.7 (tecnología heredada), se recomienda el uso de un entorno virtual o contenedores.

# Ejemplo de instalación en sistemas basados en Linux
sudo apt-get install python-qt4 python-numpy python-scipy python-opencv python-pil python-skimage python-opengl

Cómo ejecutarlo

Para iniciar la aplicación principal, ejecuta el archivo Interfaz1.py:

python Interfaz1.py

Estructura del Proyecto

• Interfaz1.py: Punto de entrada principal y lógica de la GUI primaria.
• Interfaz2.py: Interfaz secundaria para visualización 3D.
• segmentacion.py: Implementación de algoritmos de segmentación.
• alineamiento.py: Lógica para el registro y alineación de imágenes.
• drlse.py: Implementación del algoritmo Distance Regularized Level Set Evolution.
• Camera.py / MyGeom.py: Utilidades para la visualización 3D y geometría.