- Înțelegerea conceptelor de bază în filogenetică.
- Calcularea distanțelor între secvențe și construirea arborilor filogenetici.
- Exersarea metodei Neighbor-Joining (NJ) cu Biopython.
- Consolidarea legăturii dintre aliniamente multiple și relațiile evolutive.
După ce în săptămâna 3 am explorat formatele și analiza datelor NGS, acum trecem la arbori filogenetici. Pornim de la un set de secvențe (multi-FASTA), calculăm o matrice de distanțe și construim un arbore NJ. Vom compara rezultatele cu un MSA realizat online pentru a observa regiunile conservate.
Rulați
demo01_distance_matrix.py— calculul unei matrice de distanțe pe un multi-FASTA (Hamming/p-distance).
Completați și rulați
ex05_phylo_tree.py— exercițiu:- salvați rezultatul ca
.nwkînlabs/04_phylogenetics/submissions/<handle>/tree_<handle>.nwk.
- salvați rezultatul ca
În PR trebuie să apară:
- Fișierul
labs/04_phylogenetics/submissions/<github_handle>_notes.mdcu:- ce secvențe FASTA ați folosit (link/descriere),
- o scurtă reflecție: Ce informații suplimentare oferă arborele filogenetic față de o simplă matrice de distanțe?
- Exercițiul completat, salvat în:
labs/04_phylogenetics/submissions/<github_handle>/ex05_phylo_tree.py labs/04_phylogenetics/submissions/<github_handle>/tree_<handle>.nwk
- Completarea checklist-ului din șablonul PR.
- Clustering de expresie genică și analiza grupurilor.
- De la arbori evolutivi la module de co-expresie.
- Vezi Săptămâna 5 — Clustering
- Calculul matricelor de distanțe dintr-un multi-FASTA.
- Construirea și vizualizarea arborilor NJ cu Biopython.
- Interpretarea clusterelor evolutive.
- Conectarea alinierilor multiple la relațiile filogenetice.