- (3p) Calculați o matrice de distanțe pentru ≥3 secvențe (multi-FASTA propriu) și salvați tabelul.
- (4p) Construiți un arbore Neighbor-Joining cu Biopython și interpretați clusterele obținute.
- (3p) Comparați arborele vostru cu un MSA online (Clustal Omega) și marcați regiunile conservate.
- Bonus (+1p): adăugați o vizualizare grafică a arborelui (folosind
matplotlibsauete3, dacă este disponibil).
În PR trebuie să apară:
-
Fișierul
labs/04_phylogenetics/<github_handle>_notes.mdcu:- descrierea datasetului folosit (link/descriere FASTA),
- reflecție: Cum ajută arborii filogenetici la înțelegerea relațiilor evolutive?
-
Exercițiile completate, salvate în:
labs/04_phylogenetics/submissions/<github_handle>/ex05_phylo_tree.py labs/04_phylogenetics/submissions/<github_handle>/tree_<handle>.nwk