Skip to content

Latest commit

 

History

History
24 lines (17 loc) · 987 Bytes

File metadata and controls

24 lines (17 loc) · 987 Bytes

Tema de laborator 4 — Filogenetică

Taskuri

  1. (3p) Calculați o matrice de distanțe pentru ≥3 secvențe (multi-FASTA propriu) și salvați tabelul.
  2. (4p) Construiți un arbore Neighbor-Joining cu Biopython și interpretați clusterele obținute.
  3. (3p) Comparați arborele vostru cu un MSA online (Clustal Omega) și marcați regiunile conservate.
  4. Bonus (+1p): adăugați o vizualizare grafică a arborelui (folosind matplotlib sau ete3, dacă este disponibil).

Livrabile

În PR trebuie să apară:

  1. Fișierul labs/04_phylogenetics/<github_handle>_notes.md cu:

    • descrierea datasetului folosit (link/descriere FASTA),
    • reflecție: Cum ajută arborii filogenetici la înțelegerea relațiilor evolutive?
  2. Exercițiile completate, salvate în:

    labs/04_phylogenetics/submissions/<github_handle>/ex05_phylo_tree.py
    labs/04_phylogenetics/submissions/<github_handle>/tree_<handle>.nwk