这篇文档的目标，是让你在安装完成之后，真正理解 DeepScientist 的使用路径。
适合你在这些情况下阅读：
- 你已经成功启动过一次 DeepScientist
- 你已经能打开首页
- 你想知道每一步该点什么、该怎么填、每个界面到底是干什么的
如果你还没有完成启动，请先看 00 快速开始。
如果你想进一步理解 Start Research 弹窗背后的精确字段合同，再看 02 Start Research 参考。
DeepScientist 常见有两种使用方式：
- 真实项目模式
- 引导教程模式
真实项目模式会创建一个真正的本地 quest 仓库，并开始真实工作。
引导教程模式会进入一个演示用的项目工作区，界面布局与真实项目一致，但内容是为学习而准备的。
如果你的目标是立即做真实任务，就用真实项目模式。
如果你的目标是先理解界面，再决定是否投入真实时间、算力和 connector 资源，就先用引导教程模式。
首页不是一个普通聊天框，而是一个研究工作区的启动面。
最核心的两个入口是：
Start ResearchOpen Project
当你要开始一个全新的 quest 时，点击 Start Research。
当 quest 已经存在、你只是要继续推进时，点击 Open Project。
第一次使用时，优先点击 Start Research。
如果你只记一条最实用的规则：
- 已经知道要启动什么项目，就点
Start Research - 还不知道做哪个 benchmark，就先去
BenchStore - 只是想改配置，还不打算启动项目，就去
Settings
Start Research 弹窗有两个同样重要的任务：
- 左侧定义项目合同
- 右侧展示真正会写入工作区的 kickoff prompt
所以不要把它当成“随便填两句就行”的表单。
你在这里实际上是在决定：
- quest 到底要解决什么问题
- 已经有哪些可用参考和 baseline
- 第一轮自动研究要推进到什么程度
- 是否需要把进展发到网页之外
如果右侧生成出来的 kickoff prompt 看起来不对，就不要急着创建项目，先回到左侧修正。
这里填写一个给人看的项目标题。
推荐写法：
- 任务名称
- benchmark 或仓库名
- 研究方向
示例：
Mandela-Effect Reproduction and Truth-Preserving Collaboration
标题的作用，是让你以后在项目列表里快速认出它。
大多数时候直接留空。
只有在这些场景下才建议手动填写：
- 教程演示
- 固定复现实验编号
- 团队内部有命名规范
否则让 runtime 自动分配下一个顺序 quest id 即可。
这是整个弹窗里最重要的字段。
这里要写清楚：
- 研究目标
- 成功标准
- 证据要求
- 最关键的限制条件或评测规则
不好的写法：
- 太泛的 brainstorming
- 只写实现细节，不写研究问题
- 没说清楚什么算验证成功
好的写法通常包含四层：
- 要复现或研究什么
- 研究问题是什么
- 哪些协议和边界不能乱改
- 可以往什么方向改进
这两栏的目的，是在第一轮开始前尽量减少歧义。
把仓库或绝对本地文件 / 文件夹路径放进 Baseline links，适合这些情况：
- baseline 必须来自某个特定官方仓库
- quest 需要先恢复指定实现
把论文、manuscript 路径或关键材料放进 Paper / reference sources，适合这些情况：
- 任务由某篇论文定义
- 评测协议来自某个明确来源
- 系统应该优先阅读某篇参考资料
如果你已经知道 baseline 和论文，不要把它们藏在主请求正文里，应该放进专门字段。
这两个参考字段不是只能填网络链接。 你也可以直接填写绝对本地文件路径，或者绝对本地文件夹路径。
只有当你已经把某个可信 baseline 导入了 registry，才需要选择它。
一旦这里选中：
- 第一轮会优先 attach 已存在 baseline
- 而不是从原始 URL 再重新恢复
如果你是第一次做这个任务，留空是完全正常的。
这一栏是可选的。
建议在这些情况下保持 Local only：
- 第一次使用
- 想让流程最简单
- 不需要网页之外的提醒
只有在以下情况下才选择一个 connector：
- 你希望在浏览器外也收到进展或里程碑
- 该 connector 已经配置正确
当前 DeepScientist 对每个 quest 只绑定一个外部 connector 目标。
这些项会真实改变第一轮研究的形状。
如果你暂时拿不准，推荐默认这样选：
Research paper:OnResearch intensity:BalancedDecision mode:AutonomousLaunch mode:Standard
原因很简单：
Balanced足够做真实工作，又不会让第一轮过重Autonomous可以减少无谓阻塞Standard让 quest 按普通研究主线启动Research paper = On可以把分析与写作保持在范围内
如果你把 Launch mode 切到 Custom，要进一步明确自定义任务类型：
Continue existing state- 适合已有资产很多、希望先复用再决策的任务
Review- 适合已有较完整 draft / paper package，想先做一次独立 skeptical 审计
Rebuttal / revision- 适合 reviewer comments 驱动，需要把评论映射成补实验、改文和 response letter 的任务
Other / freeform- 适合其他不完全属于标准 custom 类型的任务
如果你选择的是 Review，还要继续决定：
- 审计后是直接停止，还是自动继续补实验和改稿
- 论文修改输出是普通可直接替换文本，还是 LaTeX-ready 文本
这一栏应该写“硬规则”，而不是写愿望。
适合写进去的内容：
- 必须使用哪个模型或推理端点
- 是否必须自动重试
- 是否必须保持与 baseline 对齐
- 是否必须如实记录失败
- 硬件或运行边界
不适合写进去的内容：
- 已经在主请求里说过的泛目标
- 冗长文献综述
- 本该写进 references 的信息
这一栏适合写更具体的阶段目标。
好的目标应当：
- 明确
- 可验证
- 方便后续复盘
推荐写法：
- 恢复 baseline
- 验证关键指标
- 提出一个有依据的新方向
- 产出足够支撑后续分析或写作的证据
在点击 Create project 之前，一定读一遍右侧生成的 kickoff prompt。
重点检查：
- scope 是否错了
- baseline 信息是否丢了
- runtime constraints 是否遗漏
- connector 目标是否错误
- 语气和任务是否已经不一致
这是整个流程里成本最低、收益最高的纠错点。
如果你想记住一条最短真实项目路径，可以直接照这个顺序做：
Start ResearchAutonomous- 填
Project title - 填
Primary research request - 检查右侧生成的 prompt
- 点击
Create project
在真实项目模式下，这一步会创建真实的本地 quest，并打开真实工作区。
在引导教程模式下，这一步会进入一个演示用 quest，用来让你熟悉工作区界面。
最重要的心态切换是：
- 在点击前，它只是一个任务想法
- 在点击后，它已经变成一个有文件、图谱、memory 和执行历史的持久工作区
推荐顺序是：
- 顶栏
- Explorer
- 打开一个真实文件
- Canvas
- Details
- Memory
- Copilot / Studio
顶栏是全局控制条。
你应该用它来判断：
- 当前在哪个 quest 里
- 当前是不是在预期分支上
- 如何返回、重播教程或做全局导航
Explorer 是 quest 的文件视角。
它回答的是一个非常实际的问题：
这个项目现在到底已经有哪些持久文件了？
当你想确认 quest 是否真的产出了可复用内容时，就应该先看这里。
不要把图谱当作唯一真相来源。文件树本身就是非常重要的证据面。
这两个 tab 分工不同：
ArXiv是文献书架Files是工作树
正常使用中，你会在这两个视图之间反复切换。
一个用来读文献，一个用来打开计划、实验文件、笔记与产物。
当你在 Explorer 里看到一个有价值的文件时，直接点开它。
这一步意味着你从“看结构”进入“看真实内容”。
常见文件类型包括：
- Markdown 笔记
- 计划
- 实验总结
- 结果报告
- 论文草稿
- LaTeX 源文件与 BibTeX 引用
很多用户会把 quest 里的 Markdown 文件当作一个本地优先、类似 Notion 的私有笔记本，用来记录：
- 笔记
- 计划
- handoff
- 发现
- 协作信息
打开 LaTeX 项目文件夹时，浏览器编辑器会在输入后短时间内自动保存源文件。后台自动保存只负责落盘源码，不会启动 PDF 编译。手动保存默认开启保存后自动编译：Ctrl/Cmd+S 或 保存 按钮会先保存当前 LaTeX 文件，保存成功后启动一次 PDF 编译。保存并编译 仍可用于显式编译，并会先保存当前源码，再启动 PDF 编译。
Canvas 会把研究地图直接展示出来。
一个健康的 quest，不应该像一段无限滚动聊天记录。
Canvas 应该帮助你看到：
- baseline 工作
- 新想法
- 失败分支
- 成功路径
- 后续分析和写作
它最重要的价值，是展示 quest 是怎样长出来的，而不只是停在了哪里。
不要只看形状。
点开一个节点，去看它到底代表什么。
一个有价值的节点应该把你带到：
- 分支摘要
- 关联文件
- stage 状态
- 持久证据
这样 Canvas 才不是装饰，而是真正可检查的研究地图。
当你想最快回答下面这个问题时，就看 Details：
这个 quest 现在到底是什么状态？
特别适合这些场景：
- 你离开一段时间后回来
- quest 已经运行了一阵子
- 你想先看总结，再决定是否介入
Memory 是让 quest 能持续生长的关键。
你可以在这里理解：
- 哪些经验已经变成可复用知识
- 哪些弱路径以后不该再重复
- 哪些稳定事实已经从论文或实验中沉淀下来
没有 memory，每一轮都容易变成一次性消耗品。
如果你希望持续贴着 quest 的执行过程，就把这个面板一直开着。
它适合做这些事情：
- 看执行过程
- 中途介入
- 请求状态总结
- 改路线
- 过一段时间再回来继续
这里是 quest 从“自动运行”变成“可协作工作坊”的地方。
当 quest 已经开始运行后，最有用的节奏通常是：
- 先让第一轮动起来
- 不要只盯着聊天，去打开 workspace
- 看 1 到 2 个关键文件
- 用 Canvas 看分支结构
- 用 Details 看当前状态
- 再决定是否介入
这样可以避免两个常见错误：
- 介入太早
- 还没看证据就过度相信总结
它不是聊天框，而是项目合同。
如果目标里没有验证要求，第一轮通常会更弱。
baseline 和 references 应该写在专门字段里。
这是整个流程里最便宜的纠错位置。
真正有价值的用法，是点节点、看文件、查证据。
文件树本身就是系统的主要真相面之一。